Sundhedspolitikken på Sejergaardsskolen samler sig i fire fokusområder: Idræt og bevægelse, kost og ernæring, rusmidler, arbejdsmiljø. Det er skolens målsætning gennem løbende evalueringer og investeringer at sikre, at Sejergaardsskolen forbliver en sund og god arbejdsplads både for elever og medarbejdere. De fire fokusområder må aldrig ses som isolerede enheder. I stedet tilstræbes en integreret indsats for at skabe det bedst mulige miljø for trivsel og læring.

På idrætsområdet står skolen for en god og indholdsrig idrætsundervisning, der lever op til fagplanens krav. Eleverne får tid og plads til at bevæge sig i løbet af skoledagen, og de får i løbet af deres skolegang mulighed for at deltage i turneringer og andre idrætslige arrangementer såvel internt på skolen som i konkurrence med andre skoler. Skolen forventer, at forældrene bakker skolen og børnene op i skolens sundhedspolitik, så børnene også derhjemme oplever vigtigheden af et sundt liv med gode motionsvaner. I 2005 tog skolen en nybygget idrætshal i brug. Med hallen er der skabt de bedst tænkelige betingelser for idrætsaktiviter gennem hele skoleforløbet.

På kost- og ernæringsområdet ønsker Sejergaardsskolen at vejlede eleverne til at få rigtige kost- og ernæringsvaner.  Dette sker, dels gennem skolens spiseordning, hvor mange elever hver dag køber middagsmad på skolen, dels gennem hjemkundskabsundervisningen. Skolens spiseordning er en stor succes, og skolen arbejder hele tiden på at forbedre forholdene i forbindelse med spisepausen.

I forbindelse med rusmidler har skolen en klar holdning. Alkohol er forbudt for alle skolens elever. Overtrædelse medfører bortvisning. Det samme gælder brug af euforiserende stoffer. Skolen sørger endvidere for at oplyse eleverne om disse stoffers og rygnings farlighed og skadelige virkninger. Eleven må ikke ryge på skolen. Skolens personale er omfattet af den i personalepolitikken nedfældede ryge- og alkoholpolitik.

Vedrørende arbejdsmiljøet følger skolen de love og bekendtgørelser, der gives fra officielt hold. Skolens sikkerhedsudvalg, hvori der udover ledelsen sidder repræsentanter fra lærerne, SFO, praktisk personale og elevråd, er et godt og velfungerende organ, som behandler både arbejds- og undervisningsmiljøet. Sejergaardsskolen anser således i lige så høj grad elevernes som lærernes forhold som et væsentligt område, når der skal skabes et ordentligt arbejdsmiljø.